Com era de preveure, el PNB ha decidit no concórrer amb el PDeCAT a les eleccions europees del 26 de maig, trencant la històrica aliança entre els dos espais polítics. Que la formació catalana decidís finalment presentar com a cap de llista l'expresident de la Generalitat Carles Puigdemont, i sota les sigles de Junts per Catalunya, ha estat l'element decisiu que ha evitat l'entesa. El desacord l'ha anunciat aquest dijous al matí el partit basc, que en un comunicat ha explicat que "després de la conversa que han mantingut aquest matí Andoni Ortuzar [president del PNB] i David Bonvehí [president del PdeCAT], el PNB entén, respecta i accepta que la situació política catalana porti el PDeCAT a la conformació, de cara a les eleccions europees, d'una candidatura exclusivament catalanista i coherent amb el procés polític que allà es viu els últims anys".

Ara mateix tot apunta que JxCat concorrerà en solitari als comicis, després de no poder articular una candidatura sobiranista unitària amb ERC, que hi anirà amb EH-Bildu i el BNG. En canvi, el PNB opta per tancar un acord de coalició amb Coalició Canària i Compromís per Galícia, "formacions amb les que té avançades les converacions".

En tot cas, el partit basc i el català expliquen que seguiran col·laborant a les diferents institucions parlamentàries i els propers dies "formalitzarem un acord de col·laboració institucional postelectoral que tindrà com a objectiu la defensa d'Euskadi i Catalunya al Parlament Europeu i la reivindicació d'una veu i d'una representació justes per a ambdues nacions en el futur d'Europa, així com la cerca de solucions al problema no resolt de l'encaix d'Euskadi i Catalunya tant en el marc de l'Estat espanyol com a la Unió Europea".

Les relacions entre Puigdemont i el seu entorn i el PNB estan molt deteriorades des dels fets d'octubre de 2017, després que es fes la declaració simbòlica d'independència i el Govern espanyol reaccionés amb l'aplicació del 155. La voluntat de l'expresident català d'utilitzar la contesa europea com un nou element per internacionalitzar la causa catalana no casa amb els interessos d'un PNB que des de fa anys ha optat per una línia pactista amb el govern espanyol de torn, allunyada d'hipotètiques vies unilaterals sobiranistes.