El ministro de Educación, José Ignacio Wert, aludió a 55.000 objeciones a la asignatura. Es decir, 55.000 supuestos padres que ordenaron a sus hijos a salir de clase para no escuchar la lección de Educación para la Ciudadanía y los Derechos Humanos. El dato utilizado por Wert para justificar la eliminación de la asignatura procede del recuento publicado por Profesionales por la Ética, una de las organizaciones promotoras de las denuncias. Considerando esa cifra de objetores como real, apenas llegaría al 2% de los 2,4 millones de alumnos de Secundaria y Bachillerato.

De los 55.000 objetores, el Tribunal Supremo analizó cuatro casos. Ante los suspensos con los que eran calificados los alumnos, los padres decidieron judicializar la objeción. Los jueces territoriales presentaron sentencias de todo tipo, a favor y en contra. Pero el caso que llegó al AltoTribunal prosperó en el Tribunal Superior de Justicia de Andalucía (TSJA) gracias a la supuesta prevaricación de un juez. El ponente del fallo que otorgó la razón a los padres, Enrique Gabaldón, era el hijo del presidente de honor de la asociación Foro de la Familia, promotora de las objeciones.

La sentencia pionera que obtuvieron los padres del escolar José Joaquín Flores, de Bollulos del Condado (Huelva), fue copiada por el TSJ de La Rioja y otros jueces de Aragón. Los jueces de la sala segunda del TSJA, conocida como sala vaticana por su tendencia conservadora, denunciaron que la asignatura trata de imponer la 'idelogía de género', tal y como denuncian los obispos. En su opinión, esta teoría consiste en que 'a los seres humanos no nos define como personas el sexo, sino la opción sexual elegida'.

El Supremo anuló esa decisión del TSJA y aseguró que la asignatura, tal y como fue diseñada por el Gobierno en los decretos de 2006, no adoctrina y otorga suficiente libertad a las editoriales y a los profesores para enseñar sin invadir el derecho de los padres a educar a sus hijos en su opción moral.

Tras este varapalo judicial, los colectivos decidieron acudir al Tribunal de Estrasburgo. Según Profesionales por la Ética, en total han acudido 400 familias al Tribunal Europeo de Derechos Humanos. Además, según sus cuentas, cerca de 3.000 personas han denunciado en los tribunales españoles.

Las comunidades autónomas no mostraron un recuento exacto de las objeciones. Sobre todo, tras la sentencia del Supremo. Sin embargo, las asociaciones laicas de padres de alumnos tienen una teoría al respecto de si realmente ha habido miles de personas que han acudido a los tribunales. Gran parte de las denuncias presentadas aludían a alumnos que no cursaban la asignatura por no estar en Secundaria.